作為ChIP的高效替代方案, 你可能不知道CUT&RUN有多專業(yè)，那小編就拿下面這篇文獻來分析一下吧~
文獻：Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers
隨著技術(shù)的發(fā)展，ChIP-seq的改進可以實現(xiàn)TFs 6-8堿基對分辨率的映射，但實驗結(jié)果還是存在很多問題，比如說ChIP的高背景限制了靈敏度，需要的細胞比較多以及交聯(lián)和增溶產(chǎn)生的假象。而CUT&RUN相比于傳統(tǒng)ChIP在細胞量和信噪比等方面的優(yōu)勢。
1）在整個實驗過程中，pMNase的量對片段化的結(jié)果至關重要
fig1.兩批樣品500μl體積中，600,000個K562細胞，加入不同濃度的pA-MN，片段化之后，采用TapeStation 通過分析熒光強度來分析pA-MN對H3K27me3基因組片段化的影響。
2）CUT&RUN技術(shù)用于少量細胞，信噪比很好
研究者檢測了100-6000個K562細胞的H3K27me3的基因組分布，發(fā)現(xiàn)在低至100細胞時，CUT&RUN仍可以很好地檢測出H3K27me3的峰，而且在異染色質(zhì)區(qū)也一樣可以看到峰。
fig2.CUT&RUN可以檢測低至100細胞的H3K27me3基因組分布（a）ENCODE數(shù)據(jù)庫中的K562細胞的H3K27me3 ChIP-seq結(jié)果，及6000-100個K562細胞的H3K27me3 CUT&RUN結(jié)果。（b）CUT&RUN結(jié)果的散點圖，以50bp為一個bin，相對于陰性對照IgG，6000細胞與100細胞有明顯更強的相關性。（c）熱圖顯示6000-100細胞的CUT&RUN結(jié)果有很好的相關性。
3）CUR&RUN技術(shù)檢測的信噪比要比傳統(tǒng)ChIP-seq高很多
研究者檢測了轉(zhuǎn)錄因子CTCF的基因組結(jié)合位點，發(fā)現(xiàn)CUR&RUN技術(shù)檢測比ENCODE的CTCF ChIP-seq的信噪比要高很多，而且只需1.25萬細胞就能得到很高質(zhì)量的結(jié)果。盡管用1000細胞則會損失一些峰。
fig3.用CUT&RUN檢測CTCF的結(jié)合位點，比ENCODE中的CTCF ChIP-seq信噪比高很多。
本文圖2、圖3分析源自CST公司。
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