QuantStudio 3D 數(shù)字實時 PCR 系統(tǒng)
經(jīng)濟實惠、緊湊易用的數(shù)字 PCR 系統(tǒng)。
概述
Applied Biosystems QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng)是一個簡單、經(jīng)濟實惠的平臺,采用密封芯片技術,為進行數(shù)字 PCR 提供了高效、可靠和穩(wěn)定的方法?;谝徽臼叫酒墓ぷ髁鞒套屇梢约虞d芯片、密封并繼續(xù)擴增。
QuantStudio 3D 系統(tǒng)擴展了傳統(tǒng)實時 PCR 的界限,可以定量,無需使用標準曲線。
特點
QuantStudio 3D 數(shù)字系統(tǒng)提供:
每個芯片20,000個納米級反應孔 與基于液滴的方法相比,樣品加載控制更佳,未完成的反應更少,從而確保定量的更高精度
一次熱循環(huán)多達24個芯片 QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng)只需不到30秒即可讀取每個芯片,從而利用簡單、高效的工作流程來進行數(shù)字 PCR。
基于芯片的一站式工作流程 簡單的工作流程;只需加載和密封即可進行 PCR 和分析,如下所示:
樣品數(shù)據(jù)
QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng)精度
利用 8個assay的TaqMan 基因表達Assay Panel擴增五個獨立的重復。所有檢測值均在相應平均值(綠線)的 ±10%(紅線)范圍內。(A) 低水平基因表達的結果(HPRT1、MYC 和 VEGFA)。(B) 高水平基因表達的結果(18S、B2M、GAPDH、GUSB 和 PPIA)。
QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng)的準確度
經(jīng)過評估,QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng)定量的準確度與兩種正交定量方法一致。使用男性基因組 DNA,利用 QuantStudio 12K Flex OpenArray 數(shù)字 PCR 板 (OA) 上的 UV 分光光度計和數(shù)字 PCR 測定兩種濃度的拷貝數(shù)/μL,并在 QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng) (QS3D) 上測定5個技術重復兩種濃度的拷貝數(shù)/μL,然后進行對比。兩種樣品的預期目標濃度為300個拷貝/μL 和1,500個拷貝/μL,均在預期值范圍內,而 QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng)得出的檢測結果與其他方法相比具有的精度。
在9份獨立 DNA 樣品(相當于0–8個拷貝)中,對17號染色體上的 CCL3L1 基因位點的拷貝數(shù)分析所顯示的精度和準確度。
(A) 實驗設計和所檢測樣品組的結果數(shù)據(jù)。每個數(shù)字 PCR 檢測值均落在預期值的標準差范圍內。值得注意的是,所有檢測值變異系數(shù) (CV) 均小于2.55%,充分表明可以達到很高的精度。
(B) A 中所顯示相同數(shù)據(jù)的圖形表現(xiàn)。由于達到很高的精度,數(shù)字 PCR 結果可以區(qū)分出含有7個拷貝和8個拷貝的樣品。
通過數(shù)字 PCR 進行 KRAS 微量等位基因定量的示例在 QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 系統(tǒng)上,利用針對數(shù)字 PCR 進行了優(yōu)化的定制 TaqMan SNP 基因分型分析檢測 KRAS G12V 突變。
每份樣品的結果表示突變質粒在野生型基因組 DNA 中的比例。0.1%目標表示在野生型基因組 DNA 背景中的突變細胞系中的突變基因組 DNA。所有樣品均使用配備相對定量模塊的 QuantStudio 3D AnalysisSuite Cloud Software 進行分析。(A) 目標檢出突變率為10%。突變檢出率為10.384%,置信區(qū)間為8.235–13.076%。(B) 目標檢出突變率為1%。突變檢出率為1.393%,置信區(qū)間為0.772–2.507%。(C) 目標檢出突變率為0.1%。突變檢出率為0.142%,置信區(qū)間為0.064–0.310%。(D) 野生型對照樣品。
性能數(shù)據(jù)
QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 儀器 | |
讀取一份樣品的時間 | 約30秒 |
PCR 檢測方法 | 終點 |
樣品光源 | LED |
樣品檢測 | CMOS |
檢測通道 | FAM/SYBR Green、VIC、ROX |
讀取器尺寸(高 x 寬 x 深) | 21 x 13.5 x 23.25 cm(8.3 x 5.3 x 9.15 英寸) |
重量 | 2.4 kg(5.3磅) |
QuantStudio 3D 數(shù)字 PCR 20K 芯片 | |
分區(qū) | 芯片反應孔 |
每個芯片的樣品 | 1 |
每個芯片的目標 | 2 |
熱循環(huán)儀中的芯片容量 | 24 |
每份樣品的反應孔 | 20,000 |
加載體積 | 14.5 μL |
密封工作流程 | 是 |
性能 | |
動態(tài)范圍 | 5個對數(shù)級 |
95%置信區(qū)間的精度 | ±10% |
兼容的化學品 | TaqMan 和 SYBR Green 化學品 |