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在基于gⅥ的展示載體中克隆cDNA文庫

時間:2013-1-6閱讀:112
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1 .利用PCR從預(yù)制的丸GTll文庫中制備cDNA插入片段:pG6質(zhì)粒是為帶有多聚T核苷酸的cDNA進(jìn)行方向性克隆而設(shè)計的。利用帶有各自閱讀框的三個載體,每個cDNA都有可能被正確翻譯,直到核糖體遇到終止密碼子。考慮到許多蛋白分子的裝配,采用隨機(jī)引物法來構(gòu)建cDNA文庫可能對克隆相互作用更適合。事實上,不是全長蛋白而是功能區(qū),特別是細(xì)胞質(zhì)的功能區(qū)對無毒性的及作為pⅥ融合的表達(dá)起著更重要的作用。然而,在理想條件下,在這些載體中對用隨機(jī)引物法構(gòu)建的cDNA文庫進(jìn)行克隆必須要求在每個載體的N021位點后,在每個閱讀框內(nèi)有翻譯終止子的引導(dǎo)區(qū)。而且,只有50%的轉(zhuǎn)化子在正確的表達(dá)位點上包含了cDNA 片段。

利用PCR從已制備的cDNA文庫中制備大量的cDNA 片段,用來構(gòu)建gⅥ-cDNA噬菌體顆粒文庫。盡管描述了從一個已制備的、SfiI-NotIλ入GTll方向性克隆的cDNA文庫中擴(kuò)增的cDNA 片段,但是這更適合于從使用適當(dāng)載體引物的其他文庫中擴(kuò)增cDNA 片段,這個引物包含了酶SfiI和酶NotI的限制位點。建立一個大容量的gⅥ-cDNA文庫需要有十個同一的PCR反應(yīng)。盡管提供一個特殊的方法很難,但從經(jīng)驗上來說,哺乳動物的cDNA文庫由5×105~1×106個獨立的克隆組成,從系統(tǒng)學(xué)上說,這些克隆至少包含每個mRNA的一個拷貝。模板cDNA文庫應(yīng)該如實地把序列、序列大小以及產(chǎn)生它的mRNA數(shù)量的復(fù)雜程度呈現(xiàn)出來,這是很重要的一面。為了增加DNA合成的保真度,我們*使用具有3’到5’核酸外切酶活性的DNA聚合酶。

擴(kuò)增的DNA純化后,用Sfi和NotI進(jìn)行消化,除去小片段的cDNA,用0.8%(w/v)瓊脂糖凝膠電泳來分離消化的cDNA 片段。另一方面,這些短的片段選擇性地插入到文庫中,并減少文庫中長cDNA克隆基因的數(shù)量。從瓊脂糖薄片上純化DNA并借用商業(yè)可行的系統(tǒng)可以恢復(fù)和濃縮靶cDNA(大小在500~3000bp)。

2.連接與轉(zhuǎn)化:擴(kuò)增的cDNA 片段連接到pG6質(zhì)粒上,為了確定優(yōu)化條件,在腳注中描述了連接測試。另外,為了增加轉(zhuǎn)化效率,建議純化連接混合物。近年來,電轉(zhuǎn)化法是將質(zhì)粒DNA轉(zhuǎn)化到大腸桿菌中有效的方法。

3.gⅥ-cDNA文庫的評價及保存
為了確保在eDNA文庫重建過程中篩選出來的陰性結(jié)果不是由技術(shù)失誤造成的,因此檢驗文庫的質(zhì)量是十分有必要的,建議要決定好獨立文庫克隆的數(shù)量、片段基因克隆的比例、片段平均長度及它的長度范圍。更加嚴(yán)格的質(zhì)量控制的方法是隨機(jī)抽取10個克隆,對每個cDNA片段從5’端至3’端測序,然后利用BLASTN數(shù)據(jù)庫來分析獲得的序列。

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