實驗室植物表型成像系統(tǒng)——PhenoChamber 是英國Anglia A.I.公司開發(fā)的針對植株表型研究的實驗室型成像系統(tǒng)。PhenoChamber配備有頂部可見光成像單元、側面可見光成像單元和斜75度角可見光成像單元，共計三組成像單元。PhenoChamber可用于各種生物學研究中的多種植物性狀的高通量測量；該系統(tǒng)不僅可以提取二維特征，還可以創(chuàng)建一個3D點云來更好地建模和了解樣本的三維形態(tài)；通過簡單地使用嵌入在QR碼中的項目和實驗描述符來組織數(shù)據(jù)以用于圖像拍攝和管理，從而適合大多數(shù)植物研究實驗。PhenoChamber是一個多功能的成像柜，設計用于植物和小型生物體的低成本表型分析，可對小盆植株、用多孔板培養(yǎng)的植物、多孔板里的葉圓片、植物的種子，也可以對細菌、小型動物、蟲卵等進行表型成像測量，進行各種研究。

PhenoChamber的硬件及軟件

PhenoChamber特點

多成像視角

• PhenoChamber 使用3個高分辨率（HD）RGB相機，通過三個視角即頂視圖，75度和側視圖，能夠從24個視點對植物進行成像。 基于服務器或云的分析軟件可測量植物高度、葉片大小、冠層信息、3D點云等。

板載數(shù)據(jù)管理

• 使用基于QR碼的識別來管理多個項目、實驗進程和不同基因型的植物/物種。 數(shù)據(jù)可以直接輕松下載到USB或使用簡單的RESTful API以編程方式提取，以便與現(xiàn)有工作流程輕松集成，即通過內部網(wǎng)Intranet。

簡單易用的觸摸屏界面

• 使用戶能夠通過動態(tài)圖像預覽更輕松地進行實驗管理、圖像拍攝參數(shù)設置和數(shù)據(jù)管理（允許三個高度）。

PhenoChamber應用

• PhenoChamber可用于測量各種生物學研究中的許多植物性狀。可以高通量方式進行植物高度、綠度、葉面積等參數(shù)分析。重要的是，通過在成像室內以標準化方式進行植物表型的overnight分析，即以每小時處理> 70株植物的效率，并自動轉移數(shù)據(jù)。

  
  

• PhenoChamber不僅可以提取植物2D特征，還可以創(chuàng)建一個3D點云來更好地建模和理解植物的3D形態(tài)。PhenoChamber通過使用嵌入在QR碼中的項目和實驗描述符來組織數(shù)據(jù)，以用于數(shù)據(jù)獲取和管理，從而適合大多數(shù)植物研究實驗。

  
  

• 自動表型分析平臺（在.exe中用于Windows，或.app用于Mac或Linux）的設計，用于提取植物表型特征，如葉片數(shù)目、綠度和其他植被指數(shù)、投影葉面積（2D）、周長、盆中植物的凸包 (convex hull)、冠層緊密度、VARI等。

  
  

• 基于CSV的導出文件和已處理的圖像；

  
  

• 用于表型分析的GUI（圖形用戶界面），得到植物高度等參數(shù)。

PhenoChamber不同成像角度

PhenoChamber測量參數(shù)

植物高度：2D/3D 葉面積

葉片數(shù)目：植被指數(shù)（超綠色指標、超紅色指標、可見光大氣阻抗指數(shù)VARI）等

周長：植物凸包面積, 植物密度, 緊密度等

3D 點云：3D性狀（根據(jù)于用戶需求提供）

PhenoChamber的高通量表型分析

PhenoChamber技術參數(shù)

1. PhenoChamber硬件系統(tǒng)：

1.1 相機：3臺高清自動對焦相機（1800 ~ 2400萬像素），分別位于頂部、側面和75度角

1.2 箱體尺寸（外形）：高2.2米，寬2米，深55厘米（針對不同尺寸植物，箱體外部尺寸可變）

1.3 箱體尺寸（內部）：高度2米，寬度1.8米，深度50厘米（針對不同尺寸植物，箱體內部尺寸可變）

1.4 箱體結構：鋁型材框架

1.5 連接：RJ45以太網(wǎng)，Wi-Fi

1.6 界面：7寸電容觸摸屏

1.7 電源要求：220~240V交流

1.8 花盆適應性：7cm或9cm方形花盆，可種植1.5米高的植物（可定制化其他尺寸）

1.9 測量方式：24個不同類型的植物視點，分別為0.5米、1米和1.5米(包括俯視圖、75度和側視圖，每個視圖4~8張圖片)。

1.10 旋轉臺：系統(tǒng)內置旋轉臺，可轉動不同角度獲取不同圖片

2. PhenoChamber控制軟件：

2.1 用于二維碼生成和識別技術的服務器或基于云的控制軟件

2.2 自動管理多個項目、實驗、植物基因型和物種

2.3 數(shù)據(jù)可以下載到USB存儲器或以編程方式提取(RESTful API)用于工作流集成

2.4 采用7英寸觸摸屏界面控制

3. PhenoChamber分析軟件：

3.1 基于python的表現(xiàn)型分析平臺.exe (Windows)或.app (Mac)格式

3.2 用于形態(tài)特征的GUI（圖形用戶界面）：株高、葉片數(shù)量、投影葉面積 (2D)、葉片大小、冠層信息(凸包convex hull)、植物密度、密實度、堅實度等（其他參數(shù)可定制化生成算法）。

3.3 用于光譜特征的GUI（圖形用戶界面）：過剩的綠色，過剩的紅色，VARI（可見大氣阻抗指數(shù)），綠色，任何基于RGB的營養(yǎng)指數(shù)。

3.4 多光譜測量：可選配多光譜相機進行多光譜評估，需要不同的相機設置。

3.5 可以生成3D點云，根據(jù)客戶需求提供3D特性分析

3.6 基于csv的量化文件和處理過的圖像 (.jpg)。

產(chǎn)地：英國Anglia A.I.