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CUT-Tag技術(shù)服務(wù)-研究DNA與蛋白互作
CUT-Tag互作技術(shù)服務(wù)-研究DNA與蛋白互作(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是研究DNA與蛋白互作的新技術(shù)。與ChIP-Seq相比,CUT&Tag不需要甲醛交聯(lián)和免疫共沉淀的過程,而是通過靶蛋白的抗體和Protein A的介導(dǎo),使Protein A融合的Tn5轉(zhuǎn)座酶靶向并切割DNA,同時(shí)在序列兩端加上測序接頭,經(jīng)PCR擴(kuò)增后形成高通量測序文庫。
(CUT-Tag互作技術(shù)服務(wù)-研究DNA與蛋白互作)實(shí)驗(yàn)流程圖
細(xì)胞與ConA beads結(jié)合——細(xì)胞滲透性處理——一抗與目的蛋白特異性結(jié)合——二抗結(jié)合一抗放大信號(hào)——加入pA-Tn5與抗體結(jié)合——通過Mg2+激活轉(zhuǎn)座體,片段化目的蛋白結(jié)合的DNA,并加上接頭序列——DNA提取與擴(kuò)增-高通量測序
客戶提供材料 | 實(shí)驗(yàn)過程圖 |
凍存細(xì)胞:細(xì)胞數(shù)>10萬 凍存組織:組織量>40 mg 一抗(請(qǐng)使用ChIP級(jí)別的一抗,提供未稀釋的抗體原液, 送樣前請(qǐng)將抗體的說明書發(fā)給我們,以便安排后續(xù)實(shí)驗(yàn) | 高通量測序原始數(shù)據(jù) 生物信息學(xué)分析結(jié)果 |
使用CUT&Tag,鑒定H3K27me3在染色質(zhì)水平上的peaks。與ChIP-seq相比,在相同Reads條件下,兩者的Peaks一致,并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。
參考文獻(xiàn):
Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.
CUT&Tag,DAP-seq,ChIP-seq技術(shù)對(duì)比 | |||
技術(shù)名稱 | CUT&Tag | DAP-seq | ChIP-seq |
實(shí)驗(yàn)?zāi)J?/td> | 體內(nèi) | 體外 | 體內(nèi) |
是否需要特異性抗體 | 是 | 否 | 是 |
樣本適用性 | 對(duì)細(xì)胞活性要求高,不兼容冷凍樣本,能夠?qū)O少量樣品進(jìn)行分析 | 所有物種,各種組織器官,新鮮組織、凍存組織皆可 | 所有物種,各種組織器官,新鮮組織、凍存組織皆可 |
信噪比 | 背景噪音低,所需測序深度少 | 噪音高,所需測序量相對(duì)較多 | 噪音高,所需測序量相對(duì)較多 |
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