產(chǎn)品詳細(xì)介紹：
Pippin Prep全自動核酸電泳和片段回收系統(tǒng)
手工切膠DNA回收一直是一項(xiàng)繁瑣且不精確的技術(shù)。隨著高通量測序的廣泛應(yīng)用，希望DNA片段大小回收能夠自動化完成的業(yè)界需求越來越強(qiáng)烈。
Sage Science公司由此開發(fā)出了 Pippin Prep 全自動核酸電泳片段回收儀，高質(zhì)量地完成包括建庫在內(nèi)的多種實(shí)驗(yàn)過程中分離純化各種大小 DNA 片段的需求。
產(chǎn)品特點(diǎn)：
> 軟件設(shè)置片段大小范圍，儀器準(zhǔn)確完成分離純化
> 回收DNA片段直接應(yīng)用于高通量測序文庫構(gòu)建
> 每一輪只需3-6 分鐘手工操作
> 一次性預(yù)制膠槽，杜絕交叉污染
全自動核酸電泳和片段回收系統(tǒng)技術(shù)原理：
實(shí)驗(yàn)運(yùn)行中，軟件通過實(shí)時(shí)光路檢測并比對DNA ladder，確定要回收的DNA片段到達(dá)洗脫泳道(elution channel)的準(zhǔn)確時(shí)間。通過電極切換，打開洗脫泳道，使目標(biāo)片段進(jìn)入洗脫通道的回收室中，從而實(shí)現(xiàn)回收。
操作流程：
> 一站式操作，簡易直接
> 3-6分鐘的手工時(shí)間
> 無復(fù)雜前處理過程
>回收的樣本可直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增，參與下一步實(shí)驗(yàn)。
應(yīng)用范圍：
核酸片段的自動化回收可用于生命科學(xué)的多個(gè)方面。對于前沿?zé)狳c(diǎn)之一的高通量測序（next-generation sequence），Pippin Prep為其文庫制備過程中所需的核酸片段回收給出了詳細(xì)解決方案。
產(chǎn)品覆蓋范圍: 50 – 10，000bp.
PE Libraries（配對末端文庫）
> 1.5% (300-1500bp)
> 2% (100-600bp)
> 2% 不含EB (100-600bp)
miRNA Libraries（小RNA文庫）
> 3% (50-300bp)
Mate-pair Libraries（大片段兩端序列文庫）
> 0.75% (1-10kb)
ChIP-seq（染色質(zhì)免疫沉淀-深度測序）
> 1.5% and 2% (sealed elution modules設(shè)計(jì), 可用于長時(shí)間洗脫)
性能*：
Ø 2%預(yù)制膠用于PE文庫構(gòu)建
Pippin Prep基本上避免了小分子量核酸片段的污染，且有更高的回收效率，提升了PE文庫構(gòu)建質(zhì)量。
> 1.5%預(yù)制膠用于PE文庫構(gòu)建
1.5%和2%預(yù)制膠均可用于PE文庫構(gòu)建，根據(jù)實(shí)際應(yīng)用的高通量測序平臺對回收片段大小的要求來從二者之中進(jìn)行選擇。
Ø 3% 預(yù)制膠用于miRNA文庫構(gòu)建
3%預(yù)制膠能有效的將miRNA 文庫和接頭二聚體(adapter dimers)以及大分子量的RNA片段區(qū)分開并且分離純化出來。
Ø 1.5%預(yù)制膠用于ChIP-seq文庫構(gòu)建
ChIP應(yīng)用一般要求較寬范圍(broad type)的片段大小回收。Pippin Prep能夠滿足實(shí)驗(yàn)需求。
微量基因組DNA樣品中核酸片段的回收
Pippin Prep核酸電泳和片段回收系統(tǒng)，和Agilent生物分析儀的高靈敏度芯片聯(lián)用，可以預(yù)先分析微量基因組DNA中的片段長度范圍分布，供用戶選擇合適的核酸片段的回收長度范圍。同時(shí)Agilent生物分析儀，也是評估微量微量核酸片段回收產(chǎn)物的一個(gè)理想選擇。
在Agilent生物分析儀上分析Pippin Prep的回收產(chǎn)物。用2% 瓊脂糖凝膠電泳來回收中心位于150bp的緊密分布的核酸片段 (Pippin Prep settings: bptarget = 150). 插圖所示為產(chǎn)物峰值區(qū)域的放大。
因?yàn)?/span>Agilent生物分析儀的高靈敏度芯片只需ng級的DNA的上樣量，所以它是一個(gè)理想的工具，和Pippin Prep自動核酸電泳和片段回收系統(tǒng)聯(lián)用，來分析樣品中核酸片段的長度分布。知道了樣品中核酸片段的長度分布，用戶就可以在Pippin Prep系統(tǒng)上選擇合適的核酸片段長度范圍，因此，能夠增強(qiáng)用戶對核酸片段長度的選擇控制，從而大大地提高文庫構(gòu)建的成功幾率。
Agilent生物分析儀的高靈敏芯片也是評估Pippin Prep回收產(chǎn)物的一個(gè)非常好的選擇，它有足夠的靈敏度來評估基因組DNA中的很窄的長度范圍的片段回收產(chǎn)物。上樣量低達(dá)50ng。
通過調(diào)整核酸片段的回收長度范圍來提高回收產(chǎn)量
Pippin Prep自動化核酸片段選擇和回收系統(tǒng)被設(shè)計(jì)用于非常窄的片段分布的gDNA樣品制備。因此，默認(rèn)的“緊密型”片段回收設(shè)置得到的產(chǎn)物的片段長度分布明顯地比傳統(tǒng)方法窄。如果“緊密型”片段回收設(shè)置有時(shí)不能夠得到足夠的回收量，用于構(gòu)建文庫。用于可以通過擴(kuò)大片段長度的選擇范圍來大大地提高回收產(chǎn)量。
把片段長度范圍從80 bp擴(kuò)大到150 bp，回收產(chǎn)量提高3-5倍。這些數(shù)據(jù)表明，如果“緊密型”片段回收設(shè)置不能得到足夠量的產(chǎn)物。用戶可以通過擴(kuò)大核酸片段長度的回收范圍，來大大地提高回收產(chǎn)物量。
