蛋白純化系統(tǒng)的主要功能在于快速、高質量的蛋白質分離，它為靈活性和工藝可靠性提供了一種完整的解決方案。其主要應用在大子用于蛋白等生物大分子純化及方法優(yōu)化，可用于填料篩選方法優(yōu)化和工藝放大，以及微克至數(shù)十克級別生物活性物質的分析和制備。

蛋白純化系統(tǒng)主要利用三種基本原理進行分離純化：分子篩層析、親和層析和離子交換層析。分子篩層析的原理是利用凝膠的分子篩性質，通過柱層析方法將相對分子質量不同的蛋白質分離；親和層析則利用親和能力不同，將與配基特異性結合的蛋白質吸附固定在層析柱中，再通過改變緩沖液的離子強度和pH 值或者更強的配體結合溶液將結合的蛋白質洗脫下來；離子交換層析則是根據(jù)樣品表面電荷不同進行分離純化的技術，適合任何帶電生物分子的初步純化，可除去雜質并提純。

高效液相層析是一種常用的分離和分析方法，其原理是流動相被高壓泵打入系統(tǒng)，樣品溶液經(jīng)進樣器進入流動相，被載入色譜柱內(nèi)，由于各組分在兩相中具有不同的分配系數(shù)，經(jīng)過多次吸附-解吸的分配過程后，各組分在移動速度上產(chǎn)生較大的差別。高效液相色譜適用于分離、分析高沸點、熱穩(wěn)定性差、有生理活性及相對分子量比較大的物質，因此成為蛋白質等生物大分子純化的重要手段。