蛋白純化系統(tǒng)的主要功能在于快速、高質(zhì)量的蛋白質(zhì)分離，它為靈活性和工藝可靠性提供了一種完整的解決方案。其主要應(yīng)用在大子用于蛋白等生物大分子純化及方法優(yōu)化，可用于填料篩選方法優(yōu)化和工藝放大，以及微克至數(shù)十克級別生物活性物質(zhì)的分析和制備。

蛋白純化系統(tǒng)主要利用三種基本原理進(jìn)行分離純化：分子篩層析、親和層析和離子交換層析。分子篩層析的原理是利用凝膠的分子篩性質(zhì)，通過柱層析方法將相對分子質(zhì)量不同的蛋白質(zhì)分離；親和層析則利用親和能力不同，將與配基特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)吸附固定在層析柱中，再通過改變緩沖液的離子強(qiáng)度和pH 值或者更強(qiáng)的配體結(jié)合溶液將結(jié)合的蛋白質(zhì)洗脫下來；離子交換層析則是根據(jù)樣品表面電荷不同進(jìn)行分離純化的技術(shù)，適合任何帶電生物分子的初步純化，可除去雜質(zhì)并提純。

高效液相層析是一種常用的分離和分析方法，其原理是流動(dòng)相被高壓泵打入系統(tǒng)，樣品溶液經(jīng)進(jìn)樣器進(jìn)入流動(dòng)相，被載入色譜柱內(nèi)，由于各組分在兩相中具有不同的分配系數(shù)，經(jīng)過多次吸附-解吸的分配過程后，各組分在移動(dòng)速度上產(chǎn)生較大的差別。高效液相色譜適用于分離、分析高沸點(diǎn)、熱穩(wěn)定性差、有生理活性及相對分子量比較大的物質(zhì)，因此成為蛋白質(zhì)等生物大分子純化的重要手段。