CUT&RUN技術(shù)提供了一種檢測細(xì)胞中蛋白-DNA相互作用的快速、可靠且真正的低細(xì)胞數(shù)測定法。與ChIP實驗不同,CUT&RUN不存在甲醛交聯(lián)、染色質(zhì)碎裂和免疫沉淀,使之成為一種使蛋白-DNA相互作用富集和檢測靶基因的更快且更有效的方法。
CUT&RUN可在一天之內(nèi)完成從活細(xì)胞到純化DNA的過程,且經(jīng)證明每次檢測只需使用少至500-1000個細(xì)胞。和ChIP中碎裂所有細(xì)胞染色質(zhì)不同,CUT&RUN利用一種染色質(zhì)抗體靶向消化方法,從而使背景信號比ChIP實驗低得多。
因此CUT&RUN僅需ChIP-seq檢測所需測序深度的1/10.zui后,加入簡單的Spike-in DNA即可準(zhǔn)確定量和標(biāo)準(zhǔn)化靶標(biāo)蛋白結(jié)合,而這是ChIP方法無法實現(xiàn)的,這種方法可有效標(biāo)準(zhǔn)化樣品間和實驗間的信號。
艾美捷 EpiGentek EpiNext CUT&RUN快速套件,以優(yōu)惠價格從低輸入提供無超聲破碎,以可靠地識別真正的目標(biāo)蛋白質(zhì)富集區(qū)域并實現(xiàn)高分辨率定位。可滿足用戶快速富集蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA并繪制全基因組蛋白質(zhì)/DNA相互作用的圖譜的需求。
EpiNext CUT&RUN快速套件用于快速富集特定DNA,并與來自低輸入細(xì)胞/染色質(zhì)的蛋白質(zhì)(組蛋白或轉(zhuǎn)錄因子),并在體內(nèi)識別或定位使用Illumina平臺或其他方法通過下一代測序進(jìn)行蛋白質(zhì)-DNA相互作用,如作為qPCR。創(chuàng)新的工作原理、優(yōu)化的協(xié)議和套件組件允許以zui小化的非特異性背景水平捕獲目標(biāo)蛋白質(zhì)/DNA復(fù)合物。這個捕獲的DNA特別適合于構(gòu)建非條形碼(單復(fù)合)和條形碼(多路復(fù)用)文庫以較少的偏差和較高的速度映射目標(biāo)蛋白質(zhì)-DNA相互作用區(qū)域高分辨率。
圖:使用EpiNext™ 切斷并運行快速試劑盒,對照抗體捕獲組蛋白DNA復(fù)合物(H3K9me3)來自從Hela細(xì)胞分離的1 ug染色質(zhì),用于DNA文庫制備。290 bps左右的峰值反映了單核小體(150 bps)。