我們知道,基因表達可以通過許多不同的機制進行調(diào)節(jié),包括轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白和其他DNA結(jié)合蛋白。繪制出DNA和蛋白質(zhì)之間的相互作用圖譜,對于理解基因激活或抑制以及其他細胞過程至關(guān)重要。
傳統(tǒng)上,可以通過進行染色質(zhì)免疫沉淀和測序(ChIP-seq)來分析這些相互作用。但是這種方法需要大量的起始材料才能產(chǎn)生足夠強的信號以消除背景噪聲,并且經(jīng)常返回假陽性信號。同時,ChIP-seq還需要優(yōu)化的超聲處理來破碎染色質(zhì),這可能非常耗時并可能導(dǎo)致樣品損失。
在zui近的一項研究中,佛羅里達大西洋大學(xué)和國家糖尿病、消化和腎臟疾病研究所的科學(xué)家們利用CUT&RUN技術(shù)建立了一個功能性全基因組圖譜,該圖譜是一種稱為缺氧誘導(dǎo)因子的蛋白質(zhì)復(fù)合物的特異性結(jié)合位點—HIF1α,位于人眼的晶狀體中。該團隊表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析,是因為前者不需要DNA-蛋白質(zhì)交聯(lián)。此外,與ChIP-seq相比,前者成功實驗所需的細胞計數(shù)J低。
在該實驗中,CUT&RUN技術(shù)得以成功的應(yīng)用,有助于接下來的大量研究,重點是了解某些蛋白質(zhì)可能對基因表達的作用。
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