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特異性的選擇主要需要考慮四個方面：蛋白特異性、種屬特異性、實驗方法特異性、標記物的特異性。

1、蛋白特異性

針對需要檢測的蛋白查找抗體，幾個細節(jié)要區(qū)分：

a.重組蛋白如果不是全長表達，則需要注意抗體的免疫原區(qū)域是否在重組蛋白區(qū)域內(nèi)。

b.內(nèi)源性蛋白最好能清楚其剪切與修飾的方式，特殊表型的蛋白需要進行序列比對，并結(jié)合抗體免疫原序列，查看交叉反應的情況。

c.磷酸化蛋白檢測需要確定具體位點，不同位點的磷酸化意味著可能有不同的機制存在，不宜一概而論。

2、種屬特異性

同種蛋白不同物種，有著或大或小的差異。

a.目前大部分商品化抗體都是以人源蛋白序列為模板重組蛋白或設(shè)計多肽抗原的，根據(jù)蛋白的同源性的情況與其他種屬發(fā)生交叉反應。需要參照說明書注明的可反應種屬信息。

b.一些稀有種屬很難找到抗體，可以通過蛋白的序列比對，選擇同源序列免疫的抗體，不過一般這種情況生產(chǎn)商不會受理其關(guān)于質(zhì)量的申訴，如果可以申請到免費的抗體樣品，則利于抗體選擇。

3、實驗方法特異性

目前使用抗體的實驗方法有很多，不同的使用方法過程中，因為對蛋白樣品的處理方式不一樣，蛋白的含量有差異，對抗體的識別表位和效價要求都是不一樣的。

4、標記物的特異性

一般基于實驗操作的實驗方法不會使用帶有標記的一抗，比如 WB、IHC 等，都是通過二抗類的試劑標記達到結(jié)果呈現(xiàn)的目的。但是基于儀器分析的一些實驗，可能就會使用到直接標記的一抗，比如流式實驗。那么需要了解到自己將要使用的儀器能檢測到的熒光范圍，針對不通的參數(shù)要求選擇對應的標記物。在免疫熒光雙標實驗中，需要選配不同的熒光標記物。