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生物顯微鏡與金相顯微鏡的區(qū)別主要是在照明方式與物鏡上面：
1、生物顯微鏡用的是透射照明，一般用來(lái)觀察透時(shí)和半透明的樣本，不能用來(lái)觀察不透明物體，而金相顯微鏡主要是落射照明方式（也叫同軸照明），光源從物鏡射出，主要用于觀察不透明樣本的表面，當(dāng)然也有附帶透射照明裝置的較金相顯微鏡，可同時(shí)用于觀察透明樣本。
2、從物鏡來(lái)看，生物顯微鏡的高倍物鏡都有考慮蓋玻片厚度（0.17）和載玻片、培養(yǎng)器皿厚度（1.2），所以其物鏡是通常標(biāo)有 /0.17（正置顯微鏡）、 /1.2（倒置顯微鏡），正置生物顯微鏡10倍以下物鏡則是 /-，也就是可以不考慮，這是為了校正玻璃對(duì)于光折射的影響，而金相顯微鏡的物鏡通常標(biāo)有/0 。
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