廢水經(jīng)一級或二級處理后，水質(zhì)改善，細菌含量也大幅度減少，但其值仍很可觀，并有存在病原菌的可能。因此，廢水排入水體前應(yīng)進行消毒處理。
用氯化法消毒能產(chǎn)生有害物質(zhì)，影響人體健康，是因為氯與水中有機物作用，同時有氧化和取代作用，氧化作用可以促使去除有機物，而取代作用則是氯與有機物結(jié)合，形成了有致突變或致癌活性的鹵化物。因此我國1985年版《生活飲用水衛(wèi)生標準》也規(guī)定了氯仿的上限為60μg/L。所以，廢水消毒一是要控制恰當?shù)耐秳┝?，二是采用其他消毒劑代替，如二氧化氯、臭氧、紫外線輻射等，以減少有害物質(zhì)的生成。
常用的消毒劑有次氯酸類、二氧化氯、臭氧、紫外線輻射等。
次氯酸類消毒劑有液氯、漂白粉、漂粉精、氯片、次氯酸鈉等形態(tài)，主要是通過HOCl起消毒作用。次氯酸類消毒劑的弱點是容易和水中的有機物生成氯代烴，而氯代烴已被確認為是對人體健康極為不利的，同時處理過的水會有一些令人不快的氣味。次氯酸類消毒劑粉塵和放出的氯氣對人的呼吸道、眼睛及皮膚都有強烈的刺激作用，如果不慎濺入眼睛或觸及皮膚，要立即用大量清水沖洗。存放環(huán)境要陰涼、通風和干燥，遠離熱源和火種，不能與有機物、酸類及還原劑共儲混運，運輸過程中要防止雨淋和日光曝曬，裝卸時動作要輕，避免碰撞和滾動。次氯酸類消毒劑消毒時往往發(fā)生的是取代反應(yīng)，這也是使用次氯酸類消毒劑會產(chǎn)生氯代烴的根本原因。
而臭氧和二氧化氯消毒時發(fā)生的是純氧化反應(yīng)，因而可以破壞有機物的結(jié)構(gòu)，在的同時還可以提高廢水的可生化性(BOD5/CODCr值)，去除水中的部分CODCr。
二氧化氯消毒與臭氧或紫外線消毒相比，二氧化氯消毒一次性投資低，運行費用高(大約0.1元/m3)；后者一次性投資高，運行費用低(大約0.02元/m3)。
臭氧消毒和紫外線消毒可以在很短的時間內(nèi)達到消毒的效果，經(jīng)過臭氧消毒和紫外線消毒的二沉池出水或回用水細菌總數(shù)和總大腸菌群等微生物指標可以達到要求，但他們的缺點是瞬時反應(yīng)，無法保持效果，抵抗管道內(nèi)微生物的滋生和繁殖，因此在回用水系統(tǒng)使用這兩種方法消毒時，往往需要在其出水中再投加0.05～0.1mg/L二氧化氯或0.3～0.5mg/L的氯，以保持管網(wǎng)末梢有足夠的余氯量。
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