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賽默飛色譜及痕量元素分析

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dianfu認(rèn)知重塑可能 | 全新Orbitrap Astral質(zhì)譜儀在蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用中的進(jìn)展

閱讀:198      發(fā)布時間:2023-6-20
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202364日,ASMS會議中,賽默飛推出了基于全新質(zhì)量分析器的Orbitrap Astral質(zhì)譜儀,為生命科學(xué)質(zhì)譜應(yīng)用帶來了未來的無限可能。蛋白質(zhì)組學(xué)因其在理解生命科學(xué)中的重大意義及技術(shù)上對于質(zhì)譜儀的高分辨率、高靈敏度、高質(zhì)量精度以及定量準(zhǔn)確性的quanfangwei高要求,使得我們愈發(fā)得期待全新Orbitrap Astral質(zhì)譜儀能夠為蛋白質(zhì)組學(xué)向更快、更深、更全面的發(fā)展提供幫助。而全新Orbitrap Astral質(zhì)譜儀的表現(xiàn)如何呢?讓我們用數(shù)據(jù)說話~

在對于生命體的理解中,作為生命活動的最終執(zhí)行者,蛋白質(zhì)的重要性不言而喻;而蛋白的復(fù)雜性jigao,在不同的物種、組織、細(xì)胞等層級中,它具有不同的時空表達(dá)特異性;在這些變化中,同樣的蛋白可能會有不同的形態(tài),而呈現(xiàn)中多種多樣的功能;而這些變化可能發(fā)生在不同的細(xì)胞中,也可能發(fā)生在不同的細(xì)胞組分甚至是不同的蛋白復(fù)合物中。

分析蛋白質(zhì)的金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)是質(zhì)譜技術(shù),現(xiàn)代質(zhì)譜技術(shù)應(yīng)用于蛋白質(zhì)組學(xué)的分析中,我們明確的有三個大的方向亟待改進(jìn):

1. 檢測通量,我們需要將檢測的能力提升至上萬個樣品的大隊列的水平;

2. 更高的蛋白組覆蓋度,我們期待在每次檢測中都能夠得到所分析樣品更高的蛋白鑒定深度,從而鑒定與定量更多感興趣的蛋白;

3. 靈敏度,即在極低量的樣品中如單細(xì)胞樣品中即可獲得最大蛋白組覆蓋度的能力。

賽默飛一直致力于多個質(zhì)譜質(zhì)量分析器的組合,期待它們能如同交響樂般的發(fā)出混合且和諧的聲音,對于質(zhì)譜儀而言,我們現(xiàn)在所使用的質(zhì)譜儀無疑是非常強(qiáng)大的,以Orbitrap為例,它具有超高的分辨率、質(zhì)量精度和動態(tài)范圍,它一直支撐著我們走過了蛋白質(zhì)組學(xué)的蓬勃發(fā)展的階段,時代的腳步再一次來到了全新的Orbitrap Astral質(zhì)譜儀,在這里,我們將在檢測通量、蛋白組覆蓋深度、靈敏度及精準(zhǔn)定量等多個維度展示其chaoqiang悍的性能:


1:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀全面提升蛋白質(zhì)組學(xué)分析能力

首先,我們看檢測通量的變化:

現(xiàn)在我們的科學(xué)家們所擁有的的豐富的樣品量與目前市面上的質(zhì)譜所能提供的單日檢測通量有著顯著的矛盾,目前我們的質(zhì)譜儀約能提供的單日最大檢測通量約為48個樣品,而Orbitrap Astral 創(chuàng)造歷史的將這個值提升至每天180個樣品,這使得蛋白質(zhì)組學(xué)在分析中的限速步驟不再是質(zhì)譜的通量;每天180個樣品通量意味著我們的單個樣品總梯度為8min,實際分離梯度為5.5min,超短的梯度能提供超過8000protein group的鑒定深度!而如果使用略長的14.4min梯度,達(dá)到100SPD(單日檢測樣品量),可以得到單個樣品9000protein group的鑒定深度;而24min梯度60SPD,則可以得到單針超過10000個蛋白的鑒定;60min梯度就可以得到超過12000個蛋白的鑒定水平;超高的檢測通量兼具鑒定深度,使得用戶能更加游刃有余的根據(jù)其實驗需求,在檢測樣品通量與樣品鑒定深度之間尋求更好的平衡;更深的鑒定能力帶來對于生物學(xué)功能的更深的認(rèn)知,我們期待著全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀帶給我們更有趣的生物學(xué)發(fā)現(xiàn)!


2:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀兼具超高的檢測通量與深度蛋白組覆蓋能力(點擊查看大圖)

TMT技術(shù)路線是定量蛋白質(zhì)組學(xué)的重要方法之一,目前TMT的通量已經(jīng)達(dá)到18-plex,而全新的Orbitrap Astral質(zhì)譜儀,其結(jié)合了超高分辨率和動態(tài)范圍的Orbitrap質(zhì)量分析器與超高掃描速度及超高靈敏度的Astral質(zhì)量分析器,分別執(zhí)行一級與二級掃描,二級Astral質(zhì)量分析器在m/z524時的分辨率約為8萬分辨率(m/z130時分辨率約為5萬),適用于分辨TMT的報告離子從而進(jìn)行TMT定量。如果將TMT樣品分為2fraction,運行90min梯度,即可拿到8000個定量蛋白;按照TMT-18plex的通量,我們可以達(dá)到每天144個樣品的檢測通量;而如果我們使用4fraction進(jìn)行檢測,則可以拿到超過10000定量蛋白。


3:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀為TMT定量檢測注入全新動力(點擊查看大圖)

其次,我們來關(guān)注蛋白組的覆蓋度:

更深的蛋白質(zhì)組覆蓋度一直是我們的追求,以目前的質(zhì)譜技術(shù),蛋白鑒定的最大深度在12000個蛋白附近,這個值與mRNA測序相當(dāng);其實我們?nèi)绻胍褂觅|(zhì)譜技術(shù)來實現(xiàn)目前的鑒定深度,要牽扯到很多步驟,一般需要進(jìn)行離線分級后多針上機(jī)檢測的操作,比如,我們可以首先運行一個77min的離線分離梯度,收集46個餾分,每個餾分33min梯度;消耗了34.5個小時,最終達(dá)到12000個蛋白的鑒定水平;人們用這種方法,這樣的蛋白鑒定深度,得到了很多生物學(xué)信息,比如腫瘤細(xì)胞系的通路等,發(fā)現(xiàn)了很多關(guān)鍵蛋白;如果我們想把這樣的技術(shù)路線用在真正的大規(guī)模研究上,它對機(jī)時的消耗過于巨大了,實驗過程過于艱苦;而我們使用全新的Orbitrap Astral質(zhì)譜儀,能夠?qū)崿F(xiàn)單針,60min色譜梯度的情況下,即可達(dá)到12000個蛋白的鑒定;那如果我們在Orbitrap Astral上也使用多次進(jìn)樣的方法,4.5小時我們就可以拿到超過15000個蛋白了,這也使得我們在歷shishang第一次無限接近于整個蛋白質(zhì)組的鑒定深度。其一天內(nèi)的鑒定通量達(dá)到了8proteomes的水平,我們真正具備了處理大規(guī)模研究的能力。

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4:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀為蛋白質(zhì)組學(xué)帶來qiansuoweiyou的鑒定深度(點擊查看大圖)

在蛋白質(zhì)組學(xué)中,除了常規(guī)的細(xì)胞裂解液樣品,解決具有極大的動態(tài)范圍的血液樣品也是巨大的挑戰(zhàn)。在180SPD的通量下,未經(jīng)高豐度去除的血漿樣品可以達(dá)到600個蛋白的鑒定水平,若需要更深的覆蓋度,經(jīng)seer處理后的5fraction長梯度可達(dá)到超過6000個蛋白鑒定深度。而使用30min梯度分析經(jīng)富集的血漿樣品(5fraction單獨進(jìn)樣),DIA方法更是能夠重復(fù)定量樣品里的4500多種蛋白。全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀鑒定深度,使得我們的用戶可以根據(jù)實驗需要,在鑒定深度與通量之間尋求到平衡。


5:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀為血液樣品研究帶來新的可能(點擊查看大圖)

而后,我們來關(guān)注靈敏度:

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如今單細(xì)胞組學(xué)快速走進(jìn)了人們的視野,要進(jìn)行更深度、更高通量的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué),對質(zhì)譜的靈敏度提出了更高的要求。我們研究蛋白質(zhì)組學(xué),從來便是越深入越困難。而全新的Orbitrap Astral質(zhì)譜儀,可以以jigao的速率進(jìn)行高動態(tài)范圍的檢測,同時兼具超高的靈敏度。在進(jìn)行單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)的檢測中,全新的Orbitrap Astral質(zhì)譜使得我們可以以80SPD的檢測通量(18min梯度單針運行時間)的同時得到超過5000個蛋白的鑒定水平。這表明,使用全新的Orbitrap Astral質(zhì)譜儀,我們可以在檢測通量翻倍的同時,得到更高的蛋白鑒定能力,從而為單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)樹立了新的標(biāo)準(zhǔn)。


6:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀為單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)樹立新的標(biāo)準(zhǔn)(點擊查看大圖)

定量蛋白質(zhì)組學(xué)不僅追求更高的鑒定能力,我們也同時迫切的需要更加精準(zhǔn)的定量,從而為我們提供準(zhǔn)確的差異蛋白信息,指導(dǎo)生物學(xué)研究。全新的Orbitrap Astral質(zhì)譜儀具有在寬線性動態(tài)范圍的基礎(chǔ)上的精準(zhǔn)的定量能力,如圖7,在經(jīng)過不同比例混樣的樣品比較中,Orbitrap Astral所產(chǎn)生的定量比值,均符合實際混樣比例,提供了精準(zhǔn)的定量比值。甚至即使是極低的拷貝數(shù)的蛋白(200-3000個拷貝數(shù))Orbitrap Astral也能提供精準(zhǔn)的定量值。


7:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀展現(xiàn)了精準(zhǔn)的定量性能(點擊查看大圖)

在擁有了強(qiáng)勁的性能后,我們還需要儀器能夠更加穩(wěn)健的運行:在儀器的魯棒性測試中,進(jìn)行了超過2200次進(jìn)樣,其間的QC數(shù)據(jù)均表現(xiàn)出優(yōu)異的鑒定穩(wěn)定性與重現(xiàn)性。

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8:全新一代Orbitrap Astral質(zhì)譜儀擁有優(yōu)異的穩(wěn)定性與重現(xiàn)性(點擊查看大圖)

  結(jié)

賽默飛全新劃時代的蛋白質(zhì)組學(xué)工作流,為您的蛋白質(zhì)組學(xué)研究提供無縫銜接的全面支持。新的時代,無比期待!


9:賽默飛全新劃時代的蛋白質(zhì)組學(xué)工作流

了解Astral高分辨質(zhì)譜儀應(yīng)用詳情,

請點擊血漿蛋白質(zhì)組學(xué)的新標(biāo)準(zhǔn)"





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