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離子阱質(zhì)譜（ITMS）是利用高電場使質(zhì)譜進樣端的 毛細管柱流出的液滴帶電，在氮氣氣流的作用下，液滴溶劑蒸發(fā)，表面積縮小，表面 電荷密度不斷增加，直至產(chǎn)生的 庫侖力與液滴 表面張力達到 雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使最終的液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入 質(zhì)量分析器。離子阱質(zhì)譜從液相中產(chǎn)生離子，一般說來，肽段的混合物經(jīng)過 液相色譜分離后，經(jīng)過 偶聯(lián)的與 在線連接的離子阱質(zhì)譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。

離子阱分析器它是由環(huán)行電極和上、下兩個端蓋電極構成的三維四極場。原理：將離子儲存在阱里，然后改變電場按不同質(zhì)荷比將離子推出阱外進行檢測。