·貼壁細胞相比較懸浮細胞——在轉染效率方面貼壁細胞和懸浮細胞之間的差異顯著。相對于貼壁細胞（如HEK，CHO），懸浮細胞（如HL 60，Jurkat）非常難以轉染，可能是因為細胞間膜結構的差異，但目前還沒有分子水平上合理機制的解釋。
·分裂細胞相比較非分裂細胞——分裂細胞往往要比靜止細胞更易于攝取并表達外源DNA。因此對大多數(shù)轉染操作而言，細胞都在轉染當天或前一天種板。同樣重要的是細胞在種板進行轉染時不應處于過度生長的狀態(tài)；此外，還常用促有絲分裂刺激物（如，病毒轉化，生長因子，條件培養(yǎng)基，以及滋養(yǎng)細胞）來活化原代培養(yǎng)細胞。
·分板方案——在對培養(yǎng)細胞進行分板傳代培養(yǎng)之前，必須把貼壁細胞用胰蛋白酶消化使之脫離培養(yǎng)基質。這個常規(guī)操作可導致正常細胞功能受到嚴重損害。因此分批方案的不同（如，胰蛋白酶消化時間的長短，胰蛋白酶的滅活等）需要優(yōu)化。
·傳代次數(shù)——傳代次數(shù)是指對一個細胞系進行分批傳代的頻度（通常在一個實驗室范圍內）。某些細胞系相比較其他細胞系而言較不穩(wěn)定，可能會隨著培養(yǎng)時間的延長而改變，視不同的細胞系和培養(yǎng)條件而定。因此名稱相同的同一細胞系在形態(tài)學（以及轉染能力）性質也可能會有很大的差異。一般而言，細胞在凍存復蘇后的一兩代之內或直到它們*復蘇之前都很難轉染。
·細胞數(shù)量（融合率）——只要培養(yǎng)基質（組織培養(yǎng)皿）尚有空間，細胞就會按指數(shù)規(guī)律分裂。對于正常細胞而言，細胞生長的速度受細胞密度大小的抑制（接觸抑制），但癌細胞則不受此限制而會繼續(xù)生長并可互相疊加。營養(yǎng)物質的耗竭以及代謝廢物的積聚會影響所有的細胞生長。細胞會因受到營養(yǎng)物質匱乏的壓力而不適于轉染。報告基因的表達率與轉染開始時的細胞數(shù)量和細胞健康以及細胞溶解之前的生長情況相關。
·培養(yǎng)物污染——培養(yǎng)物可被細菌、酵母、真菌、病毒、支原體、甚至其他細胞種類所污染。各種污染都會導致產生錯誤的結果。
·支原體污染——支原體污染在所有培養(yǎng)細胞中的比例為5-35%，它可改變細胞生長特性，酶的作用途徑，細胞膜的組成，染色體結構，以及轉染效率。特別是，支原體對采用脂質、DEAE-右旋糖酐、磷酸鈣或腺病毒介導的轉染技術有所干擾，其結果致使非典型轉染或轉染效率偏低。這些影響會導致實驗結果的不可靠以及時間和珍貴細胞系的損失。和細菌及真菌不同，支原體污染無法通過視覺檢查發(fā)現(xiàn)。它們非常小甚至能夠通過大多數(shù)的無菌濾膜；它們還對常用抗生素有抗藥性。所以必需進行支原體污染的常規(guī)篩查。