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當(dāng)宏基因組遇上單細(xì)胞測(cè)序

時(shí)間:2015-4-17閱讀:211
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    日前,研究人員通過宏基因組測(cè)序和單細(xì)胞測(cè)序鑒定了一類新細(xì)菌。16S rRNA基因序列的保守性和普遍性,使其成為了微生物檢測(cè)和分類鑒定的強(qiáng)有力工具。這種方法為科學(xué)家們揭示了微生物群體的高度復(fù)雜性,但它還是有所遺漏。

    基因組分析顯示,Kryptonia屬于擬桿菌門。擬桿菌門的成員一般生存在腸道或海洋中,而Kryptonia是其中*嗜熱菌。研究人員指出,Kryptonia可能是通過水平基因轉(zhuǎn)移從古生菌獲得這種能力的。16s rRNA檢測(cè)無法發(fā)現(xiàn)這種細(xì)菌,這是因?yàn)樵谕ㄓ靡锏慕Y(jié)合處發(fā)生了刪除事件。研究人員通過宏基因組測(cè)序和單細(xì)胞測(cè)序證實(shí)了這種細(xì)菌的存在,并將其命名為Kryptonia。

    研究人員zui初是在對(duì)來自世界各地的四千多個(gè)樣本進(jìn)行重新分析。他們?cè)谄渲邪l(fā)現(xiàn),有四個(gè)樣本含有新16s rRNA基因。隨后,他們通過四核苷酸頻率確定這幾個(gè)分離物有著相似的DNA圖譜,并且重建了Kryptonia的基因組。

    根據(jù)Kryptonia序列在宏基因組數(shù)據(jù)中的豐度,研究人員認(rèn)為可以分離到單個(gè)Kryptonia細(xì)胞。于是他們進(jìn)行了高通量的單細(xì)胞流式分選,果然得到了十幾個(gè)Kryptonia細(xì)胞,證明了這種新細(xì)菌的存在。

    研究人員在Kryptonia基因組中鑒定了與移動(dòng)能力有關(guān)的鞭毛基因和趨化蛋白。他們還發(fā)現(xiàn)Kryptonia缺乏合成絕大多數(shù)氨基酸的基因,特別是合成*的關(guān)鍵基因,而這是一個(gè)相當(dāng)古老的通路。研究人員推測(cè)Kryptonia可能有一個(gè)合成這些氨基酸的“小伙伴"。

    研究顯示,Kryptonia基因組5%的序列不匹配任何已知序列。這里面也許含有可供人們使用的基因,“Taq聚合酶就是來自于溫泉,它為PCR技術(shù)奠定了基礎(chǔ),"研究人員說。

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