RNAi在哺乳動物細胞中通常用于阻斷特定基因的表達從而研究基因的功能，常見的做法是將靶向特定基因的大約21堿基長短的雙鏈siRNAs（small interfering RNAs），或者是45—50-mer的發(fā)夾結(jié)構(gòu)RNA（small hairpin RNA, shRNA）轉(zhuǎn)染到細胞。shRNA在細胞內(nèi)會自動被加工成為siRNA，從而引發(fā)基因沉默或者表達抑制。

        現(xiàn)在有多個報道說通過質(zhì)粒表達siRNAs同樣可以抑制特定基因的表達。盡管細節(jié)各有不同，但載體大都是用PolIII啟動子啟動編碼shRNA（small hairpin RNA）的序列。選用PolIII啟動子的原因在于這個啟動子總是在離啟動子一個固定距離的位置開始轉(zhuǎn)錄合成RNA，遇到4—5個連續(xù)的U即終止，非常。當這種帶有PolIII 啟動子和shRNA編碼序列的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染哺乳動物細胞時，這種能表達siRNA的質(zhì)粒確實能夠下調(diào)特定基因的表達，抑制范圍包括外源基因和內(nèi)源基因。

         采用這種方法的優(yōu)點在于，通過siRNA表達質(zhì)粒的選擇標記，siRNA載體能夠更長時間地抑制目的基因表達。當然還有一點，那就是由于質(zhì)?？梢詮椭茢U增，相比起化學合成來說，這就能夠顯著降低制備siRNA的成本。因為質(zhì)粒的價錢大約是3000多人民幣，還不到化學合成1條21nt的RNA價格的一半，但是就可以自行制備siRNA而不受數(shù)量的限制。

        生物通在這里為大家介紹幾種不同的siRNA合成質(zhì)粒，但是大家要注意的是這里介紹的siRNA質(zhì)粒是不同于體外轉(zhuǎn)錄合成RNA的質(zhì)粒（生物通在后文會繼續(xù)為大家介紹），因為這里制備的是用于哺乳動物細胞實驗的siRNA，而不是長鏈的RNA（長鏈的dsRNA不適宜用在哺乳動物細胞，因為會引發(fā)非特異抑制）

pSilencer siRNA 表達載體系列是用于在培養(yǎng)的哺乳動物細胞中表達siRNA的一系列載體。在載體上包含有RNA聚和酶III （Pol III）啟動子，氨芐抗性基因和大腸桿菌復制子，只要將編碼一小段對應目的基因特異序列的、其RNA能形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)（就是回文結(jié)構(gòu)）的DNA序列插入載體中Pol III 啟動子的下游，轉(zhuǎn)入哺乳動物細胞，載體就能表達出發(fā)夾結(jié)構(gòu)的RNA，這種RNA很快在細胞中加工成為siRNA。

pSilence 1.0-U6

載體pSilence 1.0-U6是采用小鼠U6 Pol III啟動子。這個由哈佛大學開發(fā)的載體已經(jīng)成功的在Hela、H1299, U-2 OS和C-33A細胞中敲除了cdk-2和laminA/C的表達。這個載體經(jīng)過Apa I和EcoR I酶切線性化和純化，你只需要合成一對55-mer的寡核苷酸，帶有4個堿基的突出（當然是對應Apa I和EcoR I酶切位點咯），一起退火、快速連接就可以轉(zhuǎn)化了。在購買線性化的質(zhì)粒同時，廠家還提供帶有GAPDH siRNA的環(huán)形質(zhì)粒對照（萬一線性質(zhì)粒不夠用還可以自己擴增再切嘛！）

pSilencer 2.0-U6 and pSilencer 3.0-H1
這兩個載體帶有不同的RNA Pol III 啟動子，pSilencer 2.0-U6帶的是人的U6啟動子，pSilencer 3.0-H1則是用H1 RNA啟動子（RNase P的一個組成部分）。這兩個載體都是用BamH I和Hind III線性化并且經(jīng)過純化的，方便定向克隆。這兩個載體都是以線性化的質(zhì)粒供應，同時還提供GAPDH對照和一個空白對照質(zhì)粒，以及DNA退火的Buffer。

這些表達載體已經(jīng)成功的在Hela細胞中抑制了包括Cyclophilin、GAPDH、p53、c-myc在內(nèi)的多個基因的表達。實驗表明：能夠被化學合成或者體外合成的siRNAs抑制的基因同樣可以被表達相同序列的載體生成的siRNAs抑制。