鼠疫菌有一個已知的進化祖先——假結(jié)核耶爾森菌。假結(jié)核耶爾森菌在進化到鼠疫菌ELISA試劑盒的過程中獲得了兩個質(zhì)粒，這兩個質(zhì)粒賦予了鼠疫菌新的致病特性，同時還導致了很多基因方面的變化。
   研究該從何入手是關(guān)鍵。在此之前，國外已測定了兩株對人高致病的鼠疫菌的序列。因此我們在研究時首先想到的是我國內(nèi)蒙地區(qū)對人致病性低的鼠疫菌。我們通過全基因ELISA試劑盒組測序找到與致病基因相關(guān)的片段，開啟了鼠疫菌的基因組研究。
   測序之后為了進一步了解更多的菌株信息，我們做了一張全基因組芯片，開展了基因組學對比的研究，同時還研究導致基因多態(tài)性的重組序列和SNPs等片段的變化。后來我們跟美國的GCBI合作對中國四種遺傳病的四種菌進行檢測，做了鼠疫菌全基因組SNPs掃描分析，并做了鼠疫菌之間關(guān)聯(lián)性的分析。
   09年二代測序興起后，我們對中國200多株鼠疫菌進行測序。隨著基因測序的價格越來越低，后來我們幾乎對全國所有的鼠疫菌都進行了測序，目的是研究鼠疫菌進化背后的動力，不光是探討其之間的親緣關(guān)系。因此我們將全國不同疫源地鼠疫菌的進化與不同地區(qū)的地土植被、歷*氣溫、氣候降雨霜降等做了關(guān)聯(lián)分析。
   通過鼠疫菌SNPs分析，我們用基因組的方法摸清了歷*鼠疫傳播的規(guī)律。第三次鼠疫大爆發(fā)在中國從香港通過貿(mào)易傳播出去，通過哪條船傳播到哪些地區(qū)等這些途徑都由SNPs勾勒出來。zui后我們確定第二次大流行跟絲綢思路有關(guān)系，而*次大流行跟鄭和下西洋有關(guān)。
   無論是過去還是現(xiàn)在，傳染病的大流行都和人類密切相關(guān)。只是現(xiàn)在的傳播速度比以前快，過去靠駱駝和船只將鼠疫病毒帶到非洲。因此我們用基因組學ELISA試劑盒的方法勾勒出了鼠疫傳染的規(guī)律。從這些傳播路徑來看，中國不光是四大文明發(fā)源地，還可能是鼠疫的發(fā)源地。