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用突變的VlCDR3構(gòu)建SCFv基因文庫

時(shí)間:2013-1-14閱讀:251
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[方法]
1.設(shè)計(jì)合成含有CDR3隨機(jī)化序列的VLFOR引物。當(dāng)然,此引物必須以擬進(jìn)行親和力成熟的抗體VL基因作為基礎(chǔ)進(jìn)行設(shè)計(jì)。本例中,VLCDR3的7個(gè)氨基酸被隨機(jī)化。在每個(gè)隨機(jī)化位點(diǎn)中,保留了大約50%野生型氨基酸。引物設(shè)計(jì)結(jié)果如下:
VLFOR隨機(jī)引物: 5’—CCC TCC GCC GAA CAC CCA ACC 524 513 524 524 542 541 511 CTG GCA GTA ATA ATC AGC CTC—3’
數(shù)字對應(yīng)摩爾分?jǐn)?shù)如下。
(1)A(70%)、C(10%)、G(10%)、T(10%)。
(2)A(10%)、C(70%)、G(10%)、T(10%)。
(3)A(10%)、C(10%)、G(70%)、T(10%)。
(4)A(10%)、C(10%)、G(10%)、T(70%)。
(5)G(50%)、C(50%)。
利用分子建模去識別哪個(gè)CDR3殘基具有溶劑可接近側(cè)鏈,來確定隨機(jī)化殘基。
2.配制4個(gè)50w1 PCR反應(yīng)混合液,包含:
● 去離子水,35.5ul
● 20XdNTP, 2.5ul
● 10XVent聚合酶緩沖液,5.0ul
● lMB3引物(10pmol/ul),2.5ul
● VI-FOR引物 (10pmol/ul), 2.5ul
● 野生型scFv基因模板DNA(100ng), 1.0ul
● VentDNA聚合酶(2單位),1.0ul
3.在有加熱蓋的熱循環(huán)儀內(nèi)加熱混合液到94℃,5分鐘。
4.以94℃1分鐘、42℃1分鐘、72℃2分鐘的條件共循環(huán)30次,擴(kuò)增VL基因。
5.在1%瓊脂糖膠上膠純化VL基因(接近800bp);用Geneclean試劑盒提取DNA。將
每種產(chǎn)物重懸于20ul水中。在1%瓊脂糖凝膠上與已知大小和濃度的標(biāo)準(zhǔn)對照品比較,測定DNA濃度。

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