選擇方法必須精心設(shè)計(jì)以便能選擇到親合力更高的抗體．而非那些在隙菌體中展示較佳、對(duì)大腸桿菌毒性較低、較為穩(wěn)定或者多聚化形成而改變親和性（avidity）使得功能性親和力提高的克隆。有兩種方法可用于從低親和力或非結(jié)合性scFv本底下選擇到稀有的高親和力scFv：一種是根據(jù)結(jié)合動(dòng)力學(xué)方法；另一種是根據(jù)平衡常數(shù)（Kd）的方法。無論哪種方法，很重要的是，要采用液相標(biāo)記抗原而不是吸附于固相基質(zhì)的抗原。使用可溶性抗原將偏向于根據(jù)結(jié)合親和力或結(jié)合動(dòng)力學(xué)的選擇．而不是依據(jù)親和性（avidity）的選擇。當(dāng)對(duì)scFv文庫進(jìn)行選擇時(shí)．這尤為重要。因?yàn)橐阎行﹕cFv能按照一種序列依賴方式自發(fā)形成二聚體。不采用可溶性抗原可能導(dǎo)致選擇到二聚化scFv，而其單價(jià)結(jié)合常數(shù)并不高于野生型。甚至對(duì)于Fab模式也要采用可溶性抗原，從而避免選擇到展示了多拷貝Fab的噬菌體，后者僅有更高的功能性親和力（avidity）而已。

在基于結(jié)合動(dòng)力學(xué)，也被稱為解離速率（κoff）]的選擇中，在將遠(yuǎn)遠(yuǎn)過量的非標(biāo)記抗原加入到混合液中并維持一段特定時(shí)間之前，將首先選用飽和量的標(biāo)記抗原使其與噬菌體群結(jié)果。通過確定與末標(biāo)記抗原競爭的持續(xù)的時(shí)間，將允許大多數(shù)結(jié)合的野生型抗體解離，而優(yōu)化的突變體卻仍然結(jié)合著，這個(gè)方法對(duì)于具有較慢解離速率的突變體的選擇是很有效的。因?yàn)閂基因無論在體內(nèi)或體外發(fā)生突變時(shí)，κoff下降都是一個(gè)產(chǎn)生高親和力的主要?jiǎng)恿W(xué)機(jī)制。一般而言，此法可以選擇到（Kd）更佳的scFv。

我們通常傾向于平衡選擇法。在這個(gè)方法中，噬菌體與濃度低于平衡結(jié)合常數(shù)的抗原一同被孵育。它可以有效地選擇到改善平衡常數(shù)的抗體?？乖瓭舛认陆狄灿兄诖_保選擇到高親和力scFv，而不是那些在噬菌體中表達(dá)較佳或?qū)Υ竽c桿菌毒性較低的抗體。使用可溶性抗原就能設(shè)置超過平衡選擇方法所需抗原濃度的對(duì)照。噬菌體可以先結(jié)合*化抗原，而后用鏈霉親和素化磁珠進(jìn)行回收?？梢灶A(yù)先估計(jì)選擇所用的適宜抗原濃度，但我們傾向于在*輪中采用幾個(gè)不同的抗原濃度。后續(xù)幾輪選擇的抗原濃度可以根據(jù)測(cè)定結(jié)合性噬菌體在產(chǎn)出的多克隆噬菌體中結(jié)合性噬菌體的比例來決定。用Biacore進(jìn)行表面等離子共振技術(shù)（SPR）測(cè)定是為準(zhǔn)確的。結(jié)合濃度測(cè)定是在物質(zhì)運(yùn)輸受限條件下進(jìn)行的。另外．也可用酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)（ELISA）測(cè)定結(jié)合性克隆的比例。分析這些數(shù)據(jù)就可以在下一輪選擇前確定出佳抗原濃度。我們?cè)诿恳惠嗊x擇后，一般會(huì)把抗原濃度降低10～100倍。在3～5輪選擇后，就可以篩選親和力得到優(yōu)化的克隆了。