神舟九號飛船于16日傍晚搭載3名航天員進(jìn)入太空。根據(jù)既定的飛旋進(jìn)旋渦流量計行方案，飛船將在軌飛行十余天，與天宮一號目標(biāo)飛行器進(jìn)行兩次交會對接，*次為自動交會對接，第二次由航天員手動控制完成。

在神舟九號飛船發(fā)射前約20天，天宮一號開始降軌調(diào)相，進(jìn)入高度約為343千米的近圓對接軌道，建立載人環(huán)境，等待與飛船交會對接。

從17日凌晨起，北京航天飛控中心對飛船實施了多次變軌控制，完成抬高近地點、修正軌道面偏差、抬高遠(yuǎn)地點、軌道圓化和組合修正，控制神舟九號飛船到達(dá)距離天宮一號后下方約52公里處，為交會對接做好準(zhǔn)備。

根據(jù)中國載人交會對接任務(wù)測控通信指揮部飛控組組長麻永平介紹，在18日約11時左右，神舟九號飛船將轉(zhuǎn)入自主控制飛行，與天宮一號實施自動交會對接。此過程同天宮一號與神舟八號交會對接基本一致。

神舟九號與天宮一號自動對接形成組合體后，航天員將在地面指揮與支持下，完成組合體狀態(tài)設(shè)置與檢查，依次打開各艙段艙門，通過對接通道進(jìn)入天宮一號實驗艙。

組合體飛行期間，由目標(biāo)飛行器負(fù)責(zé)飛行控制，飛船渦街流量計處于?？繝顟B(tài)。3名航天員將在飛船軌道艙內(nèi)就餐，在天宮一號內(nèi)進(jìn)行科學(xué)實驗、技術(shù)試驗、鍛煉和休息。

此后，3名航天員將返回飛船，依次關(guān)閉各艙段艙門。飛船自主撤離至距目標(biāo)飛行器約400米處，然后自主控制接近目標(biāo)飛行器，在140米處停泊，轉(zhuǎn)由航天員手動控制。

航天員隨后將通過操作姿態(tài)和平蒸汽流量計移控制手柄，瞄準(zhǔn)目標(biāo)飛行器十字靶標(biāo)，控制飛船逐步接近目標(biāo)飛行器，至對接機構(gòu)接觸，完成手控交會對接。3名航天員再次進(jìn)入天宮一號駐留。

飛船返回前，3名航天員將返回飛船返回艙。兩飛行器分離，航天員手動控制飛船撤離至140米處，飛船轉(zhuǎn)為自主控制，繼續(xù)撤離至5公里外安全距離。

之后，飛船返回著陸場，地面人員將及時完成航孔板流量計天員搜救和返回艙回收；天宮一號目標(biāo)飛行器則變軌至370千米自主飛行軌道，轉(zhuǎn)入長期在軌運行。