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PCR引物設計需要遵循原則

時間:2025/1/6閱讀:99
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PCR引物設計需要遵循原則:
1、引物的長度一般為15-30 bp,常用的是18-27 bp,但不應大于38,因為過長會導致其延伸溫度大于74℃,不適于Taq DNA聚合酶進行反應。
2、引物序列在模板內(nèi)應當沒有相似性較高,尤其是3’端相似性較高的序列,否則容易導致錯配。引物3’端出現(xiàn)3個以上的連續(xù)堿基,如GGG或CCC,也會使錯誤引發(fā)機率增加。
3、引物3’端的末位堿基對Taq酶的DNA合成效率有較大的影響。不同的末位堿基在錯配位置導致不同的擴增效率,末位堿基為A的錯配效率明顯高于其他3個堿基,因此應當避免在引物的3’端使用堿基A。另外,引物二聚體或發(fā)夾結構也可能導致PCR反應失敗。5’端序列對PCR影響不太大,因此常用來引進修飾位點或標記物。
4、引物序列的GC含量一般為40-60%,過高或過低都不利于引發(fā)反應。上下游引物的GC含量不能相差太大。
5、引物所對應模板位置序列的Tm值在72℃左右可使復性條件最佳。Tm值的計算有多種方法,如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T)。
6、ΔG值是指DNA雙鏈形成所需的自由能,該值反映了雙鏈結構內(nèi)部堿基對的相對穩(wěn)定性。應當選用3’端ΔG值較低(絕對值不超過9),而5’端和中間ΔG值相對較高的引物。引物的3’端的ΔG值過高,容易在錯配位點形成雙鏈結構并引發(fā)DNA聚合反應。
7、引物二聚體及發(fā)夾結構的能值過高(超過4.5kcal/mol)易導致產(chǎn)生引物二聚體帶,并且降低引物有效濃度而使PCR反應不能正常進行。
8、對引物的修飾一般是在5’端增加酶切位點,應根據(jù)下一步實驗中要插入PCR產(chǎn)物的載體的相應序列而確定。
但是在實際設計過程中,往往很難同時滿足以上條件,因此只需要在設計引物時盡可能滿足即可,沒必要太過糾結。
同時需要注意,各種模板的引物設計難度不一,具體情況需要具體看待。有的模板本身GC含量偏高或偏低,導致找不到各種指標都十分合適的引物;在用作克隆目的的PCR因為產(chǎn)物序列相對固定,引物設計的選擇自由度較低。在這種情況只能退而求其次,盡量去滿足條件。

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